Šíreniu sa dá zabrániť dobrým zabezpečením počítačovej siete, pretože napadnutiu vnútornej siete z internetu dnes už dokážeme brániť. Najzraniteľnejšia je sieť z vnútra. Túto skutočnosť využíva ďalší typ malwaru, trójsky kôň. Trójsky kôň (pomenovanie podľa trójskeho koňa z Homérovho diela Illias) je škodlivý kód pribalený k zdanlivo neškodnému softwéru. Nachádzajú sa najmä v niektorých pochybnejších programoch ako sú napr. programy na výmenu dát cez tzv. peer-to-peer siete (cez ktoré sa dá okrem iného nelegálne sťahovať hudba, filmy a programy). Trójske kone môžu mať najrôznejšie účinky (môžu i priamo ohroziť počítač podobne ako vírusy vykonaním škodlivej akcie).
Najzákernejším druhom trójskych koňov sú však droppery (vypúšťače). Tieto v pravidelných intervaloch do systému vypúšťajú najrôznejší malware. Môžu obsahovať klasické vírusy, červy ale i spyware (špionážny program). Takto vypustený červ potom napadne sieť z vnútra, pričom je veľmi ťažké odhaliť zdroj nákazy. Odhalenie trójskeho koňa sťažuje i technika nazývaná rootkits (voľne preložené ako nástroje správcu). Touto technikou trójsky kôň dokáže poprieť svoju existenciu v systéme. Túto techniku môže trójsky kôň najľahšie využiť v prípade, že ho otvoríme s oprávneniami správcu systému.
Ďalšou nebezpečnou akciou, ktorú môžu trójske kone vykonávať, je otvorenie tzv. zadných vrátok (backdoor). Cez tieto „zadné vrátka“ sa vie útočník, tzv. hacker, dostať do systému bez toho, aby poznal prístupové meno a heslo do počítačového systému.
